Konfransın əsas məqsədi Azərbaycanın ən qədim yaşayış, mədəniyyət mərkəzlərindən biri olan Naxçıvanın muxtariyyət statusu əldə etməsi, muxtariyyətin verilməsini zəruri edən tarixi-siyasi şərait, sovetlər dönəmində Naxçıvanın sosial-iqtisadi, ictimai-siyasi, ədəbi-mədəni həyatını, imperiyanın dağılmasından sonrakı mərhələdə Naxçıvanın blokada şəraitinə düşməsi, ağır sınaqlardan ulu öndər Heydər Əliyevlə çıxması, eləcə də müstəqillik dövründə Naxçıvan Muxtar Respublikasının hərtərəfli inkişafına yönəlik dövlət siyasətinin verdiyi imkanlar nəticəsində əldə olunan nailiyyətləri elmi şəkildə araşdırma predmetinə çevirməkdir. Eyni zamanda muxatariyyətə qədərki mərhələdə -Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövründə Naxçıvanın üzləşdiyi bəlalar, Araz-Türk Respublikasının fəaliyyəti, muxtariyyətin əldə olunmasında tarixi missiya yerinə yetirən dimlomatlarımızın xidmətləri, Ümummilli lider Heydər Əliyevin siyasi hakimiyyətinin birinci dövründə Naxçıvanın inkişaf etdirilməsi sahəsində görülən işlər, 1991-1993-cü illərdə ulu öndər Heydər Əliyevin həyatı və dövlətçilik fəaliyyətinin Naxçıvan dövrü, Heydər Əliyev ideyaları işığında dinamik inkişaf yolu tutan ölkəmizin ayrılmaz tərkib hissəsi kimi doğma diyarın iqtisadi, siyasi, mədəni tərəqqisini xarakterizə edən tədqiqatların nəticələrinin elmi ictimaiyyətə çatdırılması beynəlxaq konfrasın məqsədləri sırasındadır.
Beynəlxalq konfransda Naxçıvanın tarixi, ədəbi-mədəni həyatı, sosial-iqtisadi, ictimai-siyasi tərəqqisində ulu öndər Heydər Əliyevin mühüm xidmətləri ayrıca panel məruzələrdə dinləniləcəkdir.
Muxtariyyət dövründə Naxçıvanda ədəbi mühitin, təhsilin, elmin, mədəniyyətin, səhiyyənin, eləcə də muxtar diyarın tarixinin, iqtisadiyyatının, turizm imknalarının, ictimai-siyasi, sosial-mədəni həyatının, kənd təsərüfatı və ssoial-iqtisadi göstəricilərinin hərtərəfli öyrənilməsi Beynəlxalq Konfransın Naxçıvan muxtariyyətinin 100 illiyinə töhfəsi kimi də qiymətləndirilə bilər.